El territorio que ocupa hoy Vega Baja, ha sido habitado desde hace 2,358 años. Sus primeros habitantes de la entonces llamada región de Sebuco fueron indios. La región del Sebuco fue poblándose lentamente por una sociedad rural dedicada principalmente a la crianza de ganado.

El pueblo de Vega Baja se fundó según los historiadores en el 1776. Su primer nombre fue la Vega-Baxa del Naranjal de Nuestra Señora del Rosario. Don Antonio Viera, Capitán Poblador, fue el portavoz que solicitó formalmente el reconocimiento de Vega Baja como pueblo.

La persona que donó 200 cuerdas para la construcción del pueblo fue Don Manuel Negrón Benítez.

Las primeras elecciones bajo el dominio español se celebraron en Vega Baja el 9 de septiembre de 1812.

Durante el siglo XIX la agricultura tuvo un gran desarrollo, especialmente con el cultivo de la caña de azúcar.

Esto trajo como consecuencia un aumento en el número de esclavos. En el 1848 hubo una revuelta de esclavos en Vega Baja, debido al trato cruel que recibían éstos de sus amos. El movimiento fracasó y para darles un escarmiento el mulato Miguel fue fusilado, debido a que se consideraba como el cabecilla de la llamada "revuelta de esclavos".

En el año 1862 Vega Baja fue clasificado como el pueblo de primera clase en el aspecto civil.

Al comenzar el siglo XX, la agricultura seguía siendo la principal ocupación de los vegabajeños. La central San Vicente suplía empleos a varias personas y otras ganaban su sustento como obreros en el cultivo de la caña de azúcar y frutos menores. Al cerrar sus operaciones la Central San Vicente en el año 1968 hubo que buscar nuevas fuentes de empleo para los residentes de Vega Baja.

Se establecieron industrias y poco a poco la economía de la población ha pasado de una base agrícola a una eminentemente industrial. En el barrio Cabo Caribe hay establecida una zona industrial donde operan muchas fábricas dedicadas en su mayor parte a la fabricación de piezas y objetos relacionados con electrónica.

Fuera de esa área opera V’Soske Shop, la mayor y más prestigiosa fábrica de alfombras del Nuevo Mundo y que esta localizada en el barrio Pugnado Afuera.

En el barrio Ceiba-Sabana está establecida una de las mayores y mejores fábricas de la Compañía Warner Lambert.

También contribuyen a la economía y progreso del pueblo los Centros Comerciales Las Vegas, Vega Baja Mall y otros comercios localizados en la zona urbana.